理學院現有數學、物理學兩個一級學科碩士點，數學學科教學和物理學科教學兩個方向的碩士學位點。數學和物理學均為南通大學重點學科，有數學與應用數學(師范）、應用統(tǒng)計學、物理學（師范）、光電信息科學與工程四個本科專業(yè)，其中物理學、光電信息科學與工程專業(yè)與香港浸會大學合作聯合培養(yǎng)本碩連讀研究生。

學院師資雄厚，現有教職工155人，其中專任教師128人，有教授18人、副教授67人、高級實驗師8人，具有博士、碩士學位的教師比例96%；教授、副教授比例66%；近五年來，教師以第一作者（或通訊作者）共發(fā)表SCI和EI論文220余篇，獲國家自然科學基金項目和社會科學基金立項資助17項；獲得國家重大項目子項目立項資助1項，省部級項目6項；學院聘請李大潛、楊樂院士為兼職教授，數名國內外知名專家為客座教授。

學院現有在校本科生1200余人，碩士研究生60余人。近年來，在全國及省市“挑戰(zhàn)杯”大賽、大學生數學建模競賽、師范生教學基本功大賽、大學生物理競賽、高等數學競賽中多次獲獎。學生基礎扎實，知識面廣，動手能力強，深受用人單位歡迎。畢業(yè)生就業(yè)率保持在98%以上，2018年考研錄取率達24%，其中52%的學生被985、211等重點高校錄取。碩士研究生就業(yè)率100%。

學院擁有面積5600平方米，設備價值約740萬元的省級物理實驗教學中心，擁有設備價值數十萬元專業(yè)軟件的現代化數學建模實驗室。近年來實驗開出率保持在100%，綜合性、設計性實驗課程占總實驗課程的比例達到80％以上，承擔理學院物理學科的專業(yè)實驗，全校理工科和醫(yī)科學生的大學物理實驗課程的教學任務。