食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農產制造門和1927年創(chuàng)辦的中央大學農產制造門、食品工業(yè)系。1985年，學校在全國農業(yè)院校中率先成立了食品科學系。1996年成立食品科技學院。

學院擁有博士學位一級學科授予權，博士后流動站，國家重點（培育）學科，江蘇省一級學科重點學科，江蘇省優(yōu)勢學科，1個博士點，1個碩士點，2個專業(yè)學位授權點。食品科學與工程專業(yè)為國家特色專業(yè)，入選國家“卓越農林人才教育培訓計劃”，生物工程和食品質量與安全專業(yè)為江蘇省特色專業(yè)。擁有國家工程技術研究中心及其他部省級教學科研平臺9個，國家一級學會“中國畜產品加工研究會”掛靠學院。學科在第四輪全國學科評估中評估結果為A類（A-），為學?！稗r業(yè)科學”學科進入全球前1‰作出重要貢獻。

學院現(xiàn)有教職工112人，專任教師73人，其中教授32人，副教授27人，專任教師96%擁有博士學位，其中4人獲國家級人才稱號，1人入選美國食品工程院Fellow和國際食品科學院Fellow，1人擔任國際標準化組織委員會主席，有2人先后擔任國際權威學術期刊《Meat Science》副主編，團隊被評為農業(yè)部優(yōu)秀創(chuàng)新團隊。

近五年來，學院承擔國家、部省級科研項目150余項，縱向科研經費1.6億元，國內外學術期刊上發(fā)表論文1600余篇，其中SCI收錄900余篇，申請專利150余項，授權專利130余項，制定國際、國家標準11項，獲國家科技進步二等獎1項，其他部省級、行業(yè)科技進步獎20余項，出版專著10余部，教材20余部。

學院先后與加州大學戴維斯分校、康奈爾大學、雷丁大學、密歇根州立大學等海外知名大學建立了穩(wěn)定的國際交流與合作關系。與溫氏集團、桂柳集團、雨潤集團、江蘇省食品集團有限公司、中糧集團等一大批龍頭企業(yè)開展深度合作，足跡遍布全國各地，產生了顯著的經濟和社會效益。