生物工程學(xué)科始建于2000年，2000年批準(zhǔn)成立生物工程本科專業(yè)，2003年批準(zhǔn)生物化工碩士點，2011年批準(zhǔn)生物工程工程專業(yè)學(xué)位授權(quán)點，2012年批準(zhǔn)生物化工博士點。

生物工程專業(yè)以化學(xué)工程與工藝為依托，突出生物化工特色。本專業(yè)培養(yǎng)掌握現(xiàn)代化學(xué)、生物學(xué)、生物工程學(xué)等基礎(chǔ)理論知識和基本技能，綜合素質(zhì)高、有創(chuàng)新精神，能在生物工程與生物技術(shù)領(lǐng)域從事研究開發(fā)、工程設(shè)計的高級復(fù)合型人才。近五年，畢業(yè)生升學(xué)出國率約為20%，畢業(yè)生就業(yè)升學(xué)率98%以上，主要面向長三角、珠三角和環(huán)渤海經(jīng)濟區(qū)的生物制藥、生物質(zhì)能源，輕工食品等領(lǐng)域。

本學(xué)科擁有一支結(jié)構(gòu)合理、專心從教的高水平師資隊伍，現(xiàn)有專任教師11人，其中：教授3人，副教授6人，碩士生導(dǎo)師10人，專任教師年齡結(jié)構(gòu)：36~45歲教師占62%，45歲及以上老師占比38%，具有博士學(xué)位的教師占比82%，具有海外研修經(jīng)歷占33%，專業(yè)教師隊伍中7人次獲校百佳教師，3人次獲校最受學(xué)生歡迎教師，1人入選江蘇省科技鎮(zhèn)長團，1人為江蘇省微生物學(xué)會理事，1人入選校級青年骨干教師。

本學(xué)科過去五年獲得國家、省等各級科研基金和企業(yè)橫向項目18項，發(fā)表科研論文32篇（SCI/EI收錄18篇，工程學(xué)科高被引論文1篇），申請專利5項，校級教改項目7項，發(fā)表教學(xué)論文5篇，獲校教學(xué)成果獎（二等獎）1項，出版教材2部，建立網(wǎng)絡(luò)在線課程2門。

本專業(yè)杰出校友，代表性人物有：

楊光，2004年畢業(yè)，東華大學(xué)生物工程系副教授

王干，2005年畢業(yè)，中國人民解放軍國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)理學(xué)院生物學(xué)系副教授

開雷，2005年畢業(yè)，德國馬克斯·普朗克生物化學(xué)研究所研究員，江蘇省特聘教授，

陳亭，2005年畢業(yè)，蘇州康寧杰瑞生物科技有限公司資深研究員

戴浩， 2006年畢業(yè)，江蘇省盱眙縣環(huán)保局副局長

廖金寶 2008年畢業(yè)，江西師范大學(xué)教授，第十四批國家青年千人計劃

李薇，2010年畢業(yè)，江蘇洋河股份有限公司，國家一級品酒師，全國人大代表