安徽中醫(yī)藥大學醫(yī)藥信息工程學院成立于2002年。2012年3月安徽省中醫(yī)藥科學院成立后，其中安徽省計算機中醫(yī)應用研究所劃歸學院。2017年5月，學校網(wǎng)絡信息中心整建制并入學院，合署辦公。

學院現(xiàn)有職工70人，全日制在校生1868人，碩士研究生16人；黨員204人，其中教職工黨員52人。學院黨委是學校首批標準化建設黨組織，下設2個教工黨支部（其中教工第一黨支部為安徽省樣板黨支部培育單位）、4個學生黨支部。學院專兼職教師50余人，其中教授3人，副教授（含高級實驗師）19人，博士11人（其中在讀3人），碩士學歷人數(shù)達100%?，F(xiàn)設有黨政辦、教學科研辦、實習就業(yè)辦、學生工作辦等科室，分工會、分團委組織健全。設有計算機基礎、醫(yī)學信息、軟件工程、數(shù)學、網(wǎng)絡技術(shù)與應用、生物醫(yī)學技術(shù)、生物醫(yī)學工程教研室（一附院）等7個教研室，1個實驗（實訓）教學中心，1個創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實訓中心。

學院是在全國中醫(yī)藥院校中較早開辦中醫(yī)藥與現(xiàn)代信息技術(shù)相結(jié)合的、富有特色的本科專業(yè)的院系?，F(xiàn)有信息管理與信息系統(tǒng)（安徽省特色專業(yè)，2019年安徽省專業(yè)綜合評估A-、全省第一方陣）、計算機科學與技術(shù)（安徽省一流專業(yè)培育單位）、生物醫(yī)學工程（安徽省專業(yè)結(jié)構(gòu)化調(diào)整與專業(yè)改造專業(yè)）、醫(yī)學信息工程和數(shù)據(jù)科學與大數(shù)據(jù)技術(shù)等5個全日制本科專業(yè)，擁有“中醫(yī)藥信息學”學科碩士點，“醫(yī)學技術(shù)”碩士點建設已獲省政府公示。學院“2+2”中韓合作辦學模式，已成為學校國際交流合作辦學的示范性窗口；“3+1”校企合作辦學模式為增強了學生實踐動手能力的培養(yǎng)作出了成功的探索。

學院著力培養(yǎng)具有強烈社會責任感，具備較好中醫(yī)藥背景知識的醫(yī)藥信息技術(shù)、醫(yī)藥信息管理和醫(yī)藥軟件開發(fā)等能力，富有較強創(chuàng)新精神的跨學科高級復合型應用人才，創(chuàng)新思路與方法，始終重視和加強學生能力培養(yǎng)，積極開展第二課堂教學實踐和豐富多彩的學生活動，培養(yǎng)了近3000名品學兼優(yōu)、實踐能力過硬的優(yōu)秀畢業(yè)生，畢業(yè)生就業(yè)率持續(xù)保持在95%以上。

網(wǎng)絡信息中心負責學校信息化建設的規(guī)劃與實施，學校數(shù)字化校園的建設與管理日常維護，網(wǎng)絡與信息技術(shù)、校園一卡通系統(tǒng)的應用、運行維護、技術(shù)支持、服務管理等工作。中心下設網(wǎng)絡建設科、網(wǎng)絡管理科、網(wǎng)絡安全科。與學院合并后，實現(xiàn)了人力和實踐資源充分共用，對教學、科研、管理實現(xiàn)了相互融合、相互促進。

面向蓬勃發(fā)展的中醫(yī)藥事業(yè)及健康產(chǎn)業(yè)，面向日新月異的信息技術(shù)、人工智能技術(shù)，面向經(jīng)濟社會對高素質(zhì)人才的需求，學院將在學校黨政統(tǒng)一領導下，走“醫(yī)工互融、理實俱進、協(xié)同創(chuàng)新、特色發(fā)展”之路，精力打造優(yōu)質(zhì)師資隊伍，著力培養(yǎng)大學生創(chuàng)新思維、實踐能力，在實現(xiàn)中華民族偉大復興“中國夢”中譜寫出“深度結(jié)合、科學發(fā)展”的新篇章。